عد جامع أحمد بن طولون نموذجًا فريدًا فى تاريخ العمارة الإسلامية، ودرة فى تاريخ المساجد الأثرية، ودليلًا قويًا على ما وصلت إليه الحضارة الإسلامية فى العصر الطولونى.
وهو ثالث الجوامع بمصر الإسلامية بعد جامع عمرو بن العاص، وجامع العسكر، والذى زال مع زوال مدينة العسكر التى كانت تشغل حى زين العابدين "المدبح حاليًّا".ويعد جامع أحمد بن طولون هو المسجد الوحيد الباقى فى مصر، الذى لم تتغير معالِمُه، وقد تغيرت معظم معالم مسجد عمرو بن العاص، وكذلك جامع الأزهر الشريف بمرور العصور، ويتميز هذا الجامع بزخارفه الإسلامية البديعة التى تجعله أحد النماذج النادرة للفن الإسلامى والعمارة الإسلامية.وفى عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام.وقد شيّد أحمد بن طولون مسجده على مساحة كبيرة تبلغ ستة أفدنة ونصف فوق جبل يشكر، بوسط مدينته الجديدة القطائع، وقد عرف بهذا الاسم نسبةً إلى قبيلة يشكر بن جزيل من عرب الشام.وقد بنى أحمد بن طولون مسجده بعد أن شكا الناسُ من ضيق جامع العسكر، فبدأ البناء عام 263هـ - 876م، واكتمل بناؤه عام 265هـ - 879م وفقًا لما جاء باللوحة المثبتة على إحدى دعامات إيوان القبلة بالمسجد